不但无修，也无知解，无文字般若，要将从前知解，尽情脱去，一点知见都用不着，要将文言字句，全都去除。“所读之般若，又岂有文言字句，寄于齿颊之端耶？”（同上）这却是与紫柏真可有些差异的。但是，末法时代，“吾人积劫习染坚固，我爱根深难拔。”（《答郑琨岩中丞》，同上卷一）所以不可能像祖师那样的直指，学人不能顿悟，而有参禅提话头之说，但祖师们并未有公案话头之类。德清并不反对参话头，他只是指出，参话头不是在公案话头、文字语句上下功夫，要的是参究自己，而禅界学人，却“不知向根底究，只管在话头上求，求来求去，忽然想出一段光景，就说悟了……如此参禅，岂不瞎却天下后世人眼睛？”（《示参禅切要》，同上卷六）德清强调参禅要下疑情，有怀疑精神，他非常推崇“小疑小悟，大疑大悟，不疑不悟”这一原则，疑情破处便是悟。参禅又要有大勇猛力，大精进力，大忍辱力，决不能思前算后，决不能怯弱。

2、融净：

德清的净土思想，是自心净土，他说：“今所念之佛，即自性弥陀，所求净土，即唯心极乐。诸人苟能念念不忘，心心弥陀出现，步步极乐家邦，又何以远企于十万亿国之外，别有净土可归耶？”（《示优婆塞结念佛社》，同上卷二）这就是与净土宗所讲的西方净土有所区别，实际上以禅的思想加入并改造净土宗，如果从禅净合一的角度分析，是以禅为主而融入净土，这与袾宏所讲的西方净土有些区别，但在实际操作上，则又是讲他利的。

3、修行：

净土法门的具体修行方法，德清弘传的是念佛，他在雷州时，就向不能进修自度的人传授念佛三昧，专念阿弥陀佛名号，或念三五千声，或念一万声，早晚如此。德清又从话头禅的角度，把参禅和念佛结合起来，参话头只要参这个念佛，“只是心心不忘佛号，即此便是话头。”（《答德王问》，同上卷十）就是单提一声阿弥陀佛作为话头，下个疑情，审问这念佛的是谁，再提再审，审之又审，看看这念佛的究竟是谁，这样一切杂念当下顿断，不容再起。德清不只主张禅净融合，也讲禅教融合，三教融合。关于禅教，德清认为达摩虽讲禅是教外别传的，其实他也是以教来印证禅的，可见教禅本无二致。禅宗中虽然也有超佛越祖之谈，但实际上也是要人成佛作祖去的，而要成佛作祖，必须要遵照佛祖的言教而行。舍教而习禅，“是舍规矩而求方圆也”（《示六如坤公》，同上卷八）。

4、三教融合：

关于三教，德清花了很多篇幅来说明三教的融合，他有一句名言，“为学有三要，所谓不知《春秋》，不能涉世；不精《老》、《庄》，不能忘世；不参禅，不能出世。”（《学要》，同上卷三十九）这三者缺一不可，缺一则偏，缺二则隘，三者全无而称之为人者，则是貌似人而已。憨山有关三教之会通，比较完整而有系统的论述，见于所著《观老庄影响论》一篇中。三教之间，特别是儒佛之间，德清也提出了许多融合的根据，最根本的，儒家讲忠讲孝，德清则讲佛教也讲忠孝的：“出家人宁可上负佛祖，下负我憨山老人，不可自负，不可负君，不可负亲。”